L'histoire commence dans le village caché de Konoha, 12 ans après le terrible massacre de la population par le démon Renard à Neuf Queues, dont l'âme fut scellée dans le corps de Naruto Uzumaki. Craint et rejetté de tous, le jeune garçon ne rêve que d'une chose : devenir Hokage, le plus haut grade ninja, et gagner enfin le respect et la reconnaissance des habitants du village. Accompagné de Sasuke et Sakura, Naruto commence son enseignement. Mais la route sera longue et semée d'embûches, et le trio apprendra vite la dure réalité de la vie de ninja, et devra se surpasser pour réussir les examens de passage, et devenir un jour le meilleur ninja.